| 認定日 | 補助金名 | 補助金金額 | 補助金の対象 | 連名 | 補助金財源 |
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| 2017/04/12 | (瀬田月輪)ライフライン再生(ガス配管等) | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2017/05/09 | 滋賀医科大学・機能強化促進費 | ¥19,673,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2017/05/19 | 博士課程教育リーディングプログラム | ¥55,134,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2018/04/12 | (医病)基幹・環境整備(中央監視設備更新等) | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2018/04/12 | (瀬田月輪)ライフライン再生(中央監視設備) | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2018/04/12 | (瀬田月輪)ライフライン再生(電気設備) | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2018/04/27 | 滋賀医科大学・機能強化促進費 | ¥36,312,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2018/05/22 | 博士課程教育リーディングプログラム | ¥41,406,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/03/13 | (瀬田月輪)災害復旧事業 | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2019/04/22 | (瀬田月輪)総合研究棟改修Ⅱ(臨床系) | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2019/05/10 | 博士課程教育リーディングプログラム | ¥38,983,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/04/16 | (瀬田月輪)講義棟改修 | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2020/07/06 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和2事業年度授業料等減免費交付金 | ¥17,211,400 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/07/17 | 大学等における遠隔授業の環境構築の加速による学修機会の確保(滋賀医科大学) | ¥18,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/12/03 | 令和2年度慢性疼痛診療システム普及・人材養成モデル事業費補助金 | ¥13,950,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/12/03 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和2事業年度授業料等減免費交付金 | ¥3,510,900 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/08 | (瀬田月輪)附属病院多用途型トリアージスペース整備事業 | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/17 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和2事業年度授業料等減免費交付金 | ¥2,411,100 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/18 | カニクイザルを用いた感染症対策のための医学研究推進システム -迅速なワクチン・治療薬の開発に向けて- | ¥157,058,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/25 | 感染症予防事業費等国庫負担(補助)金 | ¥14,896,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/25 | (瀬田月輪)ライフライン再生(排水設備) | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/25 | (瀬田月輪)基幹・環境整備(衛生対策等) | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/03/23 | 令和2年度新型コロナウイルス感染症患者等入院受入医療機関緊急支援事業補助金 | ¥165,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/03/29 | デジタル活用教育高度化事業 | ¥94,416,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/04/23 | (医病)ライフライン再生(排水設備) | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/04/23 | (医病)ライフライン再生(空調設備) | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/04/23 | (医病)機能強化棟等 | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/04/23 | (医病)MRI-CT施設改修 | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/04/23 | (瀬田月輪)総合研究棟改修(医学系) | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/08/05 | 令和3年度慢性疼痛診療システム普及・人材養成モデル事業費補助金 | ¥19,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/08/12 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和3事業年度授業料等減免費交付金 | ¥20,038,600 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/08/17 | 基礎研究医養成活性化プログラム | ¥20,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/10/21 | 感染症のカニクイザルモデルを用いた新興感染症克服プロジェクト | ¥27,317,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/01/26 | 薬剤払出システム | ¥100,788,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/02/02 | 令和3年度医療施設運営費等補助金(看護師の特定行為に係る指導者育成等事業) | ¥3,393,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/02/03 | 感染症予防事業費等国庫負担(補助)金 | ¥15,191,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/02/24 | 令和3年度医療施設運営費等補助金(看護師の特定行為に係る研修機関の養成力向上支援事業) | ¥5,123,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/03/30 | ウィズコロナ時代の新たな医療に対応できる医療人材養成事業 | ¥9,989,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/06/15 | 令和4年度慢性疼痛診療システム普及/人材養成モデル事業費補助金 | ¥19,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/07/01 | 基礎研究医養成活性化プログラム | ¥20,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/08/10 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和4事業年度授業料等減免費交付金 | ¥18,596,400 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/11/09 | 令和4年度医療施設等運営費補助金(看護師の特定行為に係る養成力向上支援事業) | ¥6,603,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/11/14 | 令和4年度医療施設等運営費補助金(看護師の特定行為に係る指導者育成等事業) | ¥1,034,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/11/14 | 令和4年度医療施設等運営費補助金(看護師の特定行為に係る指導者育成等事業) | ¥3,599,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/12/23 | (医病)ライフライン再生(無停電電源設備等) | ¥0 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/01/20 | 感染症予防事業費等国庫負担(補助)金 | ¥15,157,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/02/17 | (瀬田月輪)RI動物実験施設改修Ⅱ | ¥0 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/03/17 | 医学部等教育・働き方改革支援事業 | ¥22,586,500 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/20 | (医病)附属病院改修その他 | ¥0 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/05/31 | 地域中核・特色ある研究大学の連携による産学官連携・共同研究の施設整備事業 | ¥384,850,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/06/20 | 基礎研究医養成活性化プログラム | ¥20,000,000 | -------- | -------- | -------- |