| 認定日 | 補助金名 | 補助金金額 | 補助金の対象 | 連名 | 補助金財源 |
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| 2019/04/17 | 平成３１年度国立研究開発法人国立環境研究所施設整備費補助金 | ￥250,938,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/04/19 | 平成３１年度国立研究開発法人国立環境研究所運営費交付金 | ￥16,658,697,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/02/03 | 国立研究開発法人国立環境研究所施設整備費補助金（第一次補正分） | ￥310,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/03/05 | 国立研究開発法人国立環境研究所運営費交付金（第一次補正分） | ￥515,900,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/04/06 | 国立研究開発法人国立環境研究所施設整備費補助金 | ￥328,282,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/04/09 | 国立研究開発法人国立環境研究所運営費交付金 | ￥16,306,940,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/17 | 国立研究開発法人国立環境研究所運営費交付金（第三次補正分） | ￥599,995,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/04/01 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「藻類リソースの収集・保存・提供」 | ￥13,376,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/04/09 | 国立研究開発法人国立環境研究所運営費交付金 | ￥16,514,384,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/04/20 | 国立研究開発法人国立環境研究所施設整備費補助金 | ￥317,625,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/02/15 | 国立研究開発法人国立環境研究所施設整備費補助金（第一次補正分） | ￥935,529,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/02/25 | 国立研究開発法人国立環境研究所運営費交付金（第一次補正分） | ￥1,617,525,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/03/31 | 国立研究開発法人国立環境研究所施設整備費補助金（第一次補正分） | ￥1,301,704,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/03/31 | 国立研究開発法人国立環境研究所施設整備費補助金 | ￥627,242,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/06 | 国立研究開発法人国立環境研究所運営費交付金 | ￥16,387,344,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/05/09 | 国立研究開発法人国立環境研究所施設整備費補助 | ￥50,865,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/06/09 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「情報発信体制の整備とプロジェクトの総合的推進」 | ￥10,537,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/06/09 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「藻類リソースの収集・保存・提供」 | ￥11,588,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/06/09 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「情報発信体制の整備とプロジェクトの総合的推進」 | ￥2,044,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/05 | 国立研究開発法人国立環境研究所運営費交付金 | ￥16,574,658,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/05/23 | 国立研究開発法人国立環境研究所施設整備費補助金 | ￥159,005,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/08/07 | ナショナルバイオリソースプロジェクト「藻類リソースの収集・保存・提供」 | ￥4,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2024/04/01 | 国立研究開発法人国立環境研究所運営費交付金 | ￥17,158,975,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2024/07/09 | 国立研究開発法人国立環境研究所運営費交付金 | ￥20,000,000 | -------- | -------- | -------- |
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