| 認定日 | 補助金名 | 補助金金額 | 補助金の対象 | 連名 | 補助金財源 |
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| 2019/04/05 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構海洋水産資源開発勘定運営費交付金 | ¥1,255,197,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/04/05 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | ¥8,179,745,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/04/05 | 東日本大震災復興特別会計国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | ¥99,855,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/04/18 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構施設整備費補助金 | ¥434,813,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/04/25 | 平成31年度水産関係民間団体事業 | ¥28,602,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/04/25 | 平成31年度水産関係民間団体事業 | ¥50,318,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/04/01 | 令和2年度水産関係民間団体事業/漁業人材育成総合支援事業 | ¥19,797,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/04/06 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構海洋水産資源開発勘定運営費交付金 | ¥1,310,848,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/04/06 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | ¥8,154,681,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/04/06 | 東日本大震災復興特別会計国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | ¥99,855,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/04/10 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構施設整備費補助金 | ¥343,069,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/04/27 | 令和2年度度水産関係民間団体事業/漁業取締体制整備推進事業 | ¥47,033,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/01 | 令和4年度水産関係民間団体事業/漁場環境改善推進事業/栄養塩からみた漁場生産力回復手法の開発 | ¥10,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/01 | 令和4年度水産関係民間団体事業/漁場環境改善推進事業/赤潮及び貧酸素水塊の広域自動モニタリング技術の開発 | ¥11,626,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/01 | 令和4年度水産関係民間団体事業/IQ導入に向けた取組支援事業 | ¥12,004,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/01 | 令和4年度水産関係民間団体事業/沖合・遠洋漁業における自主的資源管理体制高度化事業 | ¥12,050,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/01 | 令和4年度水産関係民間団体事業/有害生物漁業被害防止総合対策事業/大型クラゲ国際共同調査事業 | ¥33,244,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/01 | 令和4年度水産関係民間団体事業/水産資源調査・評価推進事業/資源量推定等高精度化推進事業、国際水産資源動態等調査解析事業 | ¥346,495,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/01 | 令和4年度水産関係民間団体事業/経営体育成総合支援事業/水産高校卒業生を対象とした海技士養成事業/海技士養成のための乗船実習事業 | ¥39,080,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/01 | 令和4年度水産関係民間団体事業/漁業取締体制整備推進事業 | ¥9,577,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/11 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構海洋水産資源開発勘定運営費交付金 | ¥1,302,778,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/11 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構施設整備費補助金 | ¥247,863,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/12 | 東日本大震災復興特別会計国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | ¥99,855,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/13 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | ¥8,243,137,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/11/30 | 動物用医薬品対策事業/新技術を活用した動物用医薬品等基準等作成推進事業 | ¥3,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/03 | 令和5年度水産関係民間団体事業/新たな資源管理システム構築促進事業/IQ導入に向けた取組支援事業 | ¥12,004,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/03 | 令和5年度水産関係民間団体事業/大型クラゲ国際共同調査事業 | ¥33,244,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/03 | 令和5年度水産関係民間団体事業/水産資源調査・評価推進事業/資源量推定等高精度化推進事業、国際水産資源動態等調査解析事業 | ¥346,495,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/06 | 令和5年度水産関係民間団体事業/漁業取締体制整備推進事業 | ¥9,277,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/07 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構海洋水産資源開発勘定運営費交付金 | ¥1,150,140,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/07 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構施設整備費補助金 | ¥198,729,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/07 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | ¥8,202,575,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/07 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構研究・教育勘定運営費交付金 | ¥99,855,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/21 | 令和5年度水産関係民間団体事業/経営体育成総合支援事業/水産高校卒業生を対象とした海技士養成事業/海技士養成のための乗船実習事業 | ¥69,753,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/11/15 | 動物用医薬品対策事業/新技術を活用した動物用医薬品等基準等作成推進事業費 | ¥8,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/12/12 | 令和5年度国立研究開発法人水産研究・教育機構船舶建造費補助金 | ¥9,708,745,000 | -------- | -------- | -------- |