| 認定日 | 補助金名 | 補助金金額 | 補助金の対象 | 連名 | 補助金財源 |
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| 2017/04/01 | テニュアトラック普及・定着事業 | ￥19,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2017/04/01 | ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ（牽引型） | ￥27,200,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2017/04/01 | 科学技術人材育成のコンソーシアムの構築事業（次世代研究者育成プログラム） | ￥43,567,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2017/04/12 | （府中幸町）総合研究棟改修（環境資源科学系） | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2017/04/28 | 優れた若手研究者の採用拡大（東京農工大学） | ￥60,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2017/05/09 | 東京農工大学・機能強化促進費 | ￥32,902,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2017/05/19 | 博士課程教育リーディングプログラム | ￥234,495,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2017/06/27 | 大学の世界展開力強化事業（ＡＩＭＳ） | ￥21,600,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2017/07/14 | 大学教育再生加速プログラム | ￥18,453,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2018/02/26 | （府中幸町）総合研究棟改修（農学系） | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2018/04/01 | テニュアトラック普及・定着事業 | ￥2,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2018/04/01 | ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ（牽引型） | ￥29,150,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2018/04/01 | 科学技術人材育成のコンソーシアムの構築事業（次世代研究者育成プログラム） | ￥46,650,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2018/04/27 | 東京農工大学・機能強化促進費 | ￥63,046,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2018/05/22 | 博士課程教育リーディングプログラム | ￥163,209,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2018/08/01 | 大学教育再生加速プログラム | ￥18,123,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2018/11/16 | 卓越大学院プログラム | ￥190,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2018/11/22 | （小金井他）基幹・環境整備（ブロック塀対策） | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2019/02/22 | （府中幸町）語学演習棟改修等 | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2019/04/01 | 産油国石油精製技術等対策事業費補助金 （石油天然ガス権益・安定供給の確保に向けた資源国との関係強化支援事業のうち産油・産ガス国産業協力等事業に係るもの） | ￥20,069,664 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/04/01 | テニュアトラック普及・定着事業 | ￥2,020,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/04/01 | 平成３１年度産油国石油精製技術等対策事業費補助金 （石油天然ガス権益・安定供給の確保に向けた資源国との関係強化支援事業のうち産油・産ガス国産業協力等事業に係るもの） | ￥21,224,860 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/04/01 | 科学技術人材育成のコンソーシアムの構築事業（次世代研究者育成プログラム） | ￥41,420,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/05/10 | 卓越大学院プログラム | ￥159,999,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2019/06/28 | （小金井）ライフライン再生（受変電設備） | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2019/08/09 | 大学教育再生加速プログラム | ￥12,337,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/02/20 | （小金井）ライフライン再生（給排水設備） | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2020/02/21 | 全国連合農学研究科構成大学共通設備「多地点制御遠隔講義システム」 | ￥197,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/04/16 | （小金井）ライフライン再生（電気設備） | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2020/04/16 | （府中幸町）ライフライン再生（給排水設備） | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2020/06/05 | 卓越大学院プログラム | ￥130,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/07/06 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和２事業年度授業料等減免費交付金 | ￥57,847,600 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/07/17 | 大学等における遠隔授業の環境構築の加速による学修機会の確保（東京農工大学） | ￥18,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/07/17 | 令和２年度先端研究設備整備補助事業（研究活動再開等のための研究設備の遠隔化・自動化による環境整備） | ￥62,053,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2020/12/03 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和２事業年度授業料等減免費交付金 | ￥30,387,200 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/17 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和２事業年度授業料等減免費交付金 | ￥2,053,900 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/18 | 令和２年度先端研究設備整備補助事業（研究施設・設備・機器のリモート化・スマート化） | ￥158,400,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/18 | 食の安心安全を確保するための実験実習設備の充実（ＦＭ津久井牛舎および食品加工設備強化） | ￥163,381,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/25 | （小金井）ライフライン再生（給排水設備） | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/02/25 | （小金井）総合研究棟改修（工学系） | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/03/05 | 科学技術イノベーション創出に向けた大学フェローシップ創設準備事業 | ￥10,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/04/01 | 科学技術イノベーション創出に向けた大学フェローシップ創設事業 | ￥17,600,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/04/23 | （府中幸町）ライフライン再生（給排水設備） | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/04/23 | （府中幸町）長寿命化促進事業 | -------- | -------- | -------- | -------- |
| 2021/05/11 | 卓越大学院プログラム | ￥100,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2021/08/12 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和３事業年度授業料等減免費交付金 | ￥84,969,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/01/18 | 文化施設の感染拡大予防・活動支援環境整備事業 | ￥1,311,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/01/26 | クラウド型教学マネージメントに展開し得るデジタル駆動型先進学修支援・学務管理システム連動プラットフォーム | ￥234,900,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/02/21 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和３事業年度授業料等減免費交付金 | ￥1,873,900 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/04/01 | 卓越大学院プログラム | ￥90,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/07/29 | 鳥獣被害防止総合対策推進交付金 | ￥19,973,140 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/08/10 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和４事業年度授業料等減免費交付金 | ￥86,841,200 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/10/31 | 東京農工大学「個性ある尖端研究大学」創出のための経営自律化構想 | ￥290,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/11/01 | ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ（女性リーダー育成型） | ￥44,000,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2022/12/16 | 高輝度高速結晶構造解析設備 | ￥59,976,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/02/17 | （小金井）総合研究棟改修（工学系） | ￥0 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/02/17 | 大学等における修学の支援に関する法律による令和４事業年度授業料等減免費交付金 | ￥1,636,400 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/04/20 | （府中幸町）長寿命化促進事業 | ￥0 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/05/08 | 東京農工大学「個性ある尖端研究大学」創出のための経営自律化構想 | ￥241,570,000 | -------- | -------- | -------- |
| 2023/05/31 | 地域中核・特色ある研究大学の連携による産学官連携・共同研究の施設整備事業 | ￥1,000,000,000 | -------- | -------- | -------- |
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